Přednášející představí dva nástroje vyvinuté jeho výzkumnou skupinou: EnzymeExplorer, který předpovídá funkce enzymů z aminokyselinových sekvencí, a DreaMS, základní model pro tandemovou hmotnostní spektrometrii. Cílem těchto přístupů je umožnit výpočetní mapování chemické rozmanitosti a biosyntetického potenciálu každého druhu rostlin, což pomůže urychlit objevování nových přírodních molekul.
Rostliny produkují mimořádně rozmanité chemické sloučenin, z nichž mnohé mají důležité léčivé vlastnosti. U většiny rostlinných druhů však stále nevíme, jak jsou tyto molekuly biosyntetizovány nebo které geny a enzymy jsou za to zodpovědné. V této přednášce se od Tomáše Pluskala z Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR dozvíte, jak v jeho výzkumné skupině pomocí strojového učení a moderních omických technologií propojují rostlinné geny identifikované sekvenováním RNA s metabolity, které produkují, a které jsou detekovány hmotnostní spektrometrií. Přednáška z cyklu Informatické večery a proběhne v angličtině.
Záznam přednášky
O přednášejícím
Tomáš Pluskal vystudoval softwarové inženýrství na Matematicko-fyzikální fakultě Univerzity Karlovy v Praze. Doktorát z molekulární biologie získal na Hiroshima University. V Japonsku strávil celkem deset let na Okinawa Institute of Science and Technology a poté působil téměř pět let na Whitehead Institute při MIT. Od roku 2020 pracuje v Ústavu organické chemie a biochemie Akademie Věd ČR, kde vede vědeckou skupinu věnující se rostlinným metabolitům. Zaměřuje se na hledání bioaktivních molekul v rostlinách a zkoumání nástrojů pro biosyntézu těchto látek. Je laureátem Ceny Neuron pro mladé nadějné vědce v oboru chemie. Je laureátem Ceny Neuron pro mladé nadějné vědce v oboru chemie.
