Ing. Vojtěch Knaisl

2023 - 2026

Projekt ELIXIR CZ, Česká národní infrastruktura pro biologická data, je zaměřen na zpracování, uchovávání, sdílení a analýzu dat v oblasti věd o živé přírodě. Cílem projektu je zajistit, aby data generovaná ostatními infrastrukturami splňovala kritéria FAIR – findable, accessible, interoperable and reusable, nutná k jejich plnému využití. Infrastruktura ELIXIR CZ je založena na expertní části zajišťované unikátním know-how špičkových odborníků z oblasti bioinformatiky, genomiky, biologie, medicíny, informatiky a počítačového inženýrství a na technické části spočívající v heterogenním souboru hardware a software prostředků a specifických architektur podle povahy zpracovávaných dat. Toto unikátní technické řešení je naplňováno především přímým zapojením e-infrastruktur zodpovědných za pokročilá IT řešení, budování datových úložišť, přístup k datům a výpočetním kapacitám. Cílem infrastruktury ELIXIR CZ je provozování pokročilých bioinformatických nástrojů, unikátních a zároveň interoperabilních datových zdrojů pro všechna odvětví současné biologie, školení odborníků a řešení pro dedikaci výpočetních prostředků a jejich specifických technických parametrů podle potřeb uživatelské komunity. Základním prvkem pro přístup a sdílení dat jsou nástroje pro autorizaci a autentizaci uživatelů, které umožňují přístup k datovým zdrojům a nástrojům. Jde většinou o vysoce rozvinuté metody, které jsou na základě schopnosti identifikovat uživatele používány pro přístup k datovým zdrojům včetně těch, které se týkají vysoce citlivých dat. Obecně představuje toto řešení technologii použitelnou ve všech disciplínách pracujících se sdílenými daty napříč vědami o živé přírodě a v podstatě i mimo ni. ELIXIR CZ se výrazně profiluje v oblasti správy dat (Data Management), a to od úrovně uživatelů po úroveň administrátorů vědeckých projektů. Koncepce a nástroje v této oblasti jsou aplikovatelné na řešení procesů od generování dat po jejich archivaci a využitelnost.

2020 - 2022

Projekt ELIXIR CZ, Česká národní infrastruktura pro biologická data, je zaměřen na zpracování, uchovávání, sdílení a analýzu dat v oblasti věd o živé přírodě. Cílem projektu je zajistit, aby data generovaná ostatními infrastrukturami splňovala kritéria FAIR – findable, accessible, interoperable and reusable, nutná k jejich plnému využití. Infrastruktura ELIXIR CZ je založena na expertní části zajišťované unikátním know-how špičkových odborníků z oblasti bioinformatiky, genomiky, biologie, medicíny, informatiky a počítačového inženýrství a na technické části spočívající v heterogenním souboru hardware a software prostředků a specifických architektur podle povahy zpracovávaných dat. Toto unikátní technické řešení je naplňováno především přímým zapojením e-infrastruktur zodpovědných za pokročilá IT řešení, budování datových úložišť, přístup k datům a výpočetním kapacitám. Cílem infrastruktury ELIXIR CZ je provozování pokročilých bioinformatických nástrojů, unikátních a zároveň interoperabilních datových zdrojů pro všechna odvětví současné biologie, školení odborníků a řešení pro dedikaci výpočetních prostředků a jejich specifických technických parametrů podle potřeb uživatelské komunity. Základním prvkem pro přístup a sdílení dat jsou nástroje pro autorizaci a autentizaci uživatelů, které umožňují přístup k datovým zdrojům a nástrojům. Jde většinou o vysoce rozvinuté metody, které jsou na základě schopnosti identifikovat uživatele používány pro přístup k datovým zdrojům včetně těch, které se týkají vysoce citlivých dat. Obecně představuje toto řešení technologii použitelnou ve všech disciplínách pracujících se sdílenými daty napříč vědami o živé přírodě a v podstatě i mimo ni. ELIXIR CZ se výrazně profiluje v oblasti správy dat (Data Management), a to od úrovně uživatelů po úroveň administrátorů vědeckých projektů. Koncepce a nástroje v této oblasti jsou aplikovatelné na řešení procesů od generování dat po jejich archivaci a využitelnost.

2021 - 2024

The diversity, complexity and volume, as well as privacy and regulatory considerations, necessitate a collaborative and federated approach to life-science data. For scientists to find and share data across Europe and world-wide, ELIXIR needs to continuously develop and connect its services. The international ecosystem provided by ELIXIR – with 220 institutes in 23 Nodes, connecting hundreds of bioinformatics services – is globally unique and a competitive advantage for European research. Through our national Nodes ELIXIR has the geographical spread, service portfolio and expertise to fulfil our ambition that every European project uses FAIR data based on common standards, tools and services. The initial operational phase of ELIXIR, supported by the H2020 ELIXIR-EXCELERATE project, focussed on the coordination and delivery of bioinformatics services from national Nodes. This lay the foundation for a coordinated European infrastructure. ELIXIR-CONVERGE will build on these achievements to deliver another critical component: the provisioning, across Europe, of distributed local support for data management based on a toolkit for researchers that enables lifecycle management for their research data according to international standards. ELIXIR-CONVERGE will develop the national operations of such a distributed research infrastructure to drive good data management, reproducibility and reuse in a heterogeneous funding landscape. Over 36 months and with partners from our 23 Nodes, ELIXIR-CONVERGE takes the next step to realise a European data federation where interconnected national operations, strategically managed via national research infrastructure roadmaps, allow users to extract knowledge from life science’s large, diverse and distributed datasets. By connecting ELIXIR Nodes to provide FAIR data management as a service, ELIXIR-CONVERGE will build national capacity and create a blueprint for operating sustainable Nodes in distributed research infrastructures.

2022

FAIR Data Entry Tool is a complete software solution for capturing bioinformatic data described by a given ontology.

2023 - 2025

Projekt navazuje na výstupy předchozího SGS projektu stejného jména. Jako svůj rámcový cíl si klade pokračování v práci na perspektivních oblastech softwarového inženýrství. Oproti předchozímu projektu dochází v důsledku změn v řešitelském týmu a s pokrokem ve zkoumaných oblastech ke změnám v primárních zkoumaných oblastech. Tento rok se proto zaměříme především na následující oblasti:

2020 - 2022

Projekt navazuje na výsledky předchozího SGS projektu stejného jména. Rámcovým cílem je pokračování započaté práce na perspektivních konceptech softwarového inženýrství. V souladu se změnou řešitelského týmu a s vývojem v dílčích zkoumaných oblastech se v tomto roce zaměříme zejména na následující oblasti: (1) Modelem řízený vývoj software, (2) Distribuované a paralelní zpracování dat v grafových databázích, (3) Generování modelů z textových specifikací.

2017 - 2019

The project aims to develop training materials and software tooling to support data stewardship in the ELIXIR infrastructure.

2022 - 2023

V tomto projektu plánujeme využít jedinečnou kombinaci odborných znalostí našich dvou týmů (CZ a AT) v oblasti správy dat, machine-actionable DMP, vývoje softwaru s ohledem na FAIR, sémantických webových technologií a zpracování přirozeného jazyka (NLP) k urychlení efektivního přijetí principů FAIR ve správě výzkumných dat. Vyvineme metody, modely a pokyny pro výzkumné pracovníky i správce dat, abychom jim usnadnili implementování principů FAIR. Primární důraz bude kladen na přijetí FAIR efektivním způsobem s využitím automatizace a vyhodnocování. Sladěním přijetí FAIR s nejlepšími praktikami plánováním správy dat se vyhneme další zátěži pro výzkumné pracovníky. Naopak je cílem zlepšení kvality plánů správy dat ve prospěch výzkumných pracovníků i financujících subjektů.