Fakulta je řízena samosprávnými orgány v čele s děkanem. Členíme se na katedry a výzkumná, servisní a administrativní pracoviště. Podrobnosti členění fakulty stanovuje Statut FIT. Dalšími samosprávnými akademickými orgány jsou Akademický senát, Vědecká rada a Disciplinární komise.
