Děkan je vrcholným představitelem fakulty. Jmenuje a odvolává ho rektor na návrh akademického senátu. Děkan může udělovat při významých příležitostech jednotlivcům či dalším institucím Medaili FIT, nejvyšší poctu fakulty. Každý sememestr pak také oceňuje vynikající bakalářské a diplomové závěrečné práce Cenou děkana.
Současným děkanem je doc. RNDr. Ing. Marcel Jiřina, Ph.D. Roli děkana definuje zákon č. 111/1998 Sb., o vysokých školách a o změně a doplnění dalších zákonů. Dále jej doplňuje Statut ČVUT a Statut FIT.